Tras esto Orochimaru comenzará a invadir Konoha y el jugador tomará el control de Naruto peleando contra Gaara de la misma forma como ocurre en el anime.
Una vez superadas éstas luchas harán aparición los ninjas de la organización Akatsuki y el jugador deberá pelear 2 veces contra Itachi: la primera vez controlando a Kakashi y la segunda controlando a Sasuke.
Al igual que en el anime, una vez superadas éstas pruebas vendrá la búsqueda de Tsunade, y el jugador tomará el control de Orochimaru en su lucha contra Tsunade. Luego se tomará el control de Tsunade en una lucha contra Naruto y tomando el control de Jiraiya luchará contra Orochimaru.
Por último, usando a Naruto el jugador deberá pelear contra Orochimaru, y tras vencerlo se terminará el modo "Historia"
Trailer Oficial
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Contraseña: dekax (Todo en minúscula)
Aquí dejo el emulador en caso de no tenerlo.
Emulador de NDS y N3DS