En el presente, el malvado Doctor Eggman se entera de la leyenda de Chaos. Creyéndola cierta, busca y destruye la Esmeralda Maestra, liberando a Chaos en el proceso. El objetivo del Dr. Eggman es controlar a Chaos, y usar sus poderes destructivos para conquistar el mundo. Cuando Sonic sabe de esto, él y sus amigos ponen manos a la obra para detener a Eggman; pero ninguno de ellos conoce la historia de Chaos y su aprisionamiento en la Esmeralda Maestra. Poco a poco, gracias a las visitas de un espíritu de equidna llamada Tikal, se enteran de que ella se hizo amiga de Chaos, y la noche en que la tribu intentó robar las Esmeraldas, capturó a Chaos junto con ella misma dentro de la Esmeralda Maestra para evitar que aquél destruyera el mundo con su ira.
Ahora que Chaos ha sido liberado, Tikal le pide a Sonic que lo selle de nuevo en la Esmeralda Maestra. Sonic no está de acuerdo: atraparlo en la Esmeralda Maestra no detendrá su furia, sólo la alimentará. Usando el poder de las Esmeraldas del Chaos para hacerse Super Sonic, Sonic lucha contra Chaos y lo vence, su ira neutralizada por el irresistible poder de la virtud. Con el mundo a salvo, Tikal y Chaos regresan al Plano Astral.
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