En una escena de apertura, Spider-Man se encuentra a sí mismo perseguido por sus villanos de las películas. Él consigue ayuda de Nuevo Duende mientras combate al Duende Verde, Doctor Octopus, Hombre de Arena, y Venom. Los seis personajes se hallan atacados por una fuerza enemiga y uno por uno, los villanos empiezan a desaparecer. Mientras tanto, Spider-Man es rescatado por Nick Fury de S.H.I.E.L.D., quien le informa que el meteoro que había traído el simbionte a la Tierra se ha roto en la atmósfera de la Tierra y cinco pedazos más se han distribuido en cinco localidades distintas en el globo. Fury envía a Spider-Man a recuperar los fragmentos de meteoro. Spider-Man descubre que los villanos que lo atacaron y varios enemigos mas, incluyendo a Rhino y el Escorpión, están bajo el control mental de un villano misterioso. El villano también crea y controla infantería mitad simbionte y mitad holográficos llamados P.H.A.N.T.O.M.s (Fantasmas) abreviatura de Perpetual Holographic Avatar Nano-Tech Offensive Monsters (Monstruos Holográficos Avatar de Ofensiva Nano-Tecnológica). Mientras Spider-Man lucha con sus enemigos uno por uno y les rescata del poder mental, ellos prometen ayudar a encontrar al responsble. A medida que Spider-Man progresa, obtiene más aliados como Merodeador, la Gata Negra, Puño de Hierro, el Lagarto (no retratado como villano), y Blade. Él descubre que el villano responsable es Mysterio, su intención es usar su ejército para controlar el mundo, usando cada fragmento de meteoro para hacerles más fuertes. Spider-Man se da cuenta de que la única manera de enfrentarse a Mysterio es utilizando el último fragmento para recuperar su traje negro. Al final, Spider-Man le derrota y entrega los fragmentos a Fury, que decide analizarlas y se refiere al estudio como "Proyecto Matanza", por la enorme matanza que se hubiera producido.
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Aquí dejo el emulador PS2 en caso de no tenerlo y un video mostrando como abrir el juego desde el programa
Video tutorial corto
Emulador de PS2